L'equilibri puntuat.

Tot i l'existència de formes de transició fòssils, cal admetre que són molt poc freqüents. El registre fòssil és, efectivament, força discontinu. Sovint s'observa que les espècies noves apareixen en períodes molt curts geològicament parlant, d'algunes desenes de milers d'anys. Els neodarwinistes ho explicaven recorrent a la insuficiència del registre fòssil. L'any 1972 Stephen Jay Gould i Niles Eldredge van proposar una teoria alternativa: l'equilibri puntuat. 

Aquesta teoria sosté que les discontinuïtats del registre fòssil són el reflex del ritme real de l'evolució: hi ha llargs períodes d'estabilitat o equilibri, en els quals s'observen pocs canvis, seguits de breus períodes de crisi ambiental i canvis molt ràpids, puntuacions, durant els quals apareixen noves espècies. No es posa en dubte l'existència de la selecció natural, ni la importància de l'aïllament, sinó el caràcter gradual o discontinu de l'evolució. Alguns evolucionistes pensen que l'evolució és gradual mentre que d'altres pensen exactament el contrari.

La teoria de l'equilibri puntuat és una teoria que proposa un nou model de l'especiació en el camp de la teoria de l'evolució per selecció natural. El terme "equilibri puntuat" aparegué el 1972 en l'assaig Punctuated Equilibria: An alternative to Phyletic Gradualism, escrit col·laborativament per Stephen Jay Gould i Niles Eldredge. La seva teoria es contraposa de manera radical a un dels punts claus del darwinisme: el gradualisme filètic. Els dos paleontòlegs integren i recolzen la seva tesi amb contribucions teòriques i d'observació provinents de sistemàtics i paleontòlegs precedents.